La recherche partenariale française, dans le domaine des transports, est très largement structurée par le PREDIT, programme de recherche et d'innovation dans les transports terrestres (voir le site du PREDIT). Ce programme est dédié aux transports de marchandises, de voyageurs, collectifs et individuels. Il couvre les technologies, les services et l'aide à la décision politique. L'INRETS est impliqué depuis l'origine l'animation du PREDIT et la participation aux projets (voir l'implication de l'INRETS dans le PREDIT).
L'INRETS mène par ailleurs un grand nombre de recherches partenariales sur des projets financés par les grandes agences comme l'ADEME et l'ANR, ainsi que par le Fonds unique interministériel FUI.
L’INRETS est également impliqué dans des recherches intéressant des associations nationales de collectivités territoriales.